почему такое происходит?

Вам правильно сказали - очень и очень трудно сделать сайт под Я и Гугл на одном движке. Также тематика очень влияет. В я все связанное с программированием, софтом, технической специальной тематикой - будет продвигать вверх намного труднее, чем в гугле, который сам вас начнет ставить в топ по этим темам. Но, вот что касается гуманитарки, объявлений, бизнеса - тут в Гугле будет очень тркдно поднимать, а Я сам вас будет тянуть в этих темах по НЧ и аже по некоторым СЧ.

Гугл любит структуру прямую и разные страницы. ТО, есть - на каждую страницу вашего сайта, должно ссылаться как можно больше ваших же страниц и ссылки эти должны быть со значащими анкорами (даже на главную лучше ссылаться значащим анкором со всех страниц, тогда есть шанс получить ПР5 только за внутренне ссылочное). При этом все страницы разных разделов должны серьезно различаться и навигация должна как минимум проинрывать в объеме на 70% контенту страницы. Если навигация равна контенту - то пиши пропало, черз некоторое время Гугл просто станет игнорить такие страницы по наименьшему числу ссылок на них (то есть в выдаче остануться только 10-40 страниц [в зависимости от объема сайта] на которые больше всего внутренних ссылок).

Яндекс же наоборот, вытянет все отдельные страницы и сам будет игнорить навигацию как не значимый текст страницы (не всегда правда, можно и упороть что тоже склеит страницы), а оставлять только контент. Плюс ссылочное ему последовательное нужно (это значит, что на каждую страницу должно ссылаться как можно меньше ваших ссылок, но они должны быть как можно ближе к главной по перходам).

При этом наличие заголовков H1 и H2 как можно выше - для Я играет ключевую роль, а для гугла намного меньше.

А рамблер вообще сам себе на уме там смешано все от обоих поисковиков.

В общем как вам и советуют, читайте разделы разные на этом форуме и думайте подо что вам лучше затачивать ваши сайты.