статья: некоторые технические аспекты вывода HTML разными коммерческими CMS

Вот! Это офигенски клевый вопрос. Я не знаю абсолютно правильного ответа. Но ИМХО с одной стороны пользователю задумываться о всяких там заголовках не нужно, и поэтому система должна выводить все сама, так как нужно ей, независимо от настроек сервера. И потому должна все переопределять поверх сервера или как минимум внимательно смотреть чтобы сервер чего лишнего не выдал. Это важно например для разных динамических разделов типа отправки форм и так далее, где браузер или прокси могут закэшировать результаты вывода сервером данных и сайт будет работать не так, как предполагал создатель CMS. С другой стороны, вы совершенно правы, админ должен иметь возможность настроить сервер при необходимости так, как хочет он. Если он знает что делает - пусть делает. То есть CMS должна дать ему эту возможность. Ну и тут еще есть одна проблема философская - большинство CMS переделывая урлы, заголовки и выдавая разные нестандартные фокусы в HTML часто прямо нарушают стандарты HTTP. В общем страшного в этом ничего нет, раз все работает. Но это порождает массу несовместимостей и проблем, в том числе и проблемы индексации сайтов зачастую от несоблюдения стандартов сервером и клиентом происходят.