Как лучше поступить?

А можно с этого места по-подробнее?

перелинковка...

домен на сабдомен, сабдомен на домен...

Не убеждает. Чем это лучше, чем внутренняя перелинковка? На мой взгляд это может быть лучше только в том случае, если ты раскручиваешь сабдомен как отдельный сайт с регистрацией в каталогах, ссылками и т.д. Но в этом случае есть опасность нарваться на фильтр на обмен ссылками, к тому же это уже несколько иная тема.

Папка или субдомен решается индивидуально для каждого конкретного сайта. И тут очень много критериев, почти все из которых являются "ноу-хау" любого грамотного вебмастера.

Ну уж так и индивидуально! Только сайты в результате индивидуального подхода все в результате получаются одинаковые.

Если речь идет о долговременном белом проекте, то единственный вопрос тут - насколько близка тематика нового раздела к уже существующим. У автора топика она очень близка (как и у меня), так что мое мнение - папка.

Одинаковые за сотой позицией курят ... ;)

Дизайнеры топовых сайтов по денежным словам не сидят в форумах, так что мы не знаем, как и что они делают.