Что происходит в индексе при замене уровней доменов?

Только если сайты 100% идентичны, есть вероятность, что их распознают как зеркала.

При этом зеркалом будет считаться домен третьего уровня.

На мой взгляд, лучше всего с зеркалами борется Рамблер, хуже всего обстоят дела у Яндекса.

Если поддержка старого сайта не вызывает затруднений, то я рекомендовал бы продолжать обновлять старый сайт, а для нового - сделать небольшие изменения в дизайне (имеется вимду структура, например один в таблице из двух колонок, другой скажем из четырёх, но при этом две дополнительные шириной в один пиксель).

Да, в любом случае существование старого сайта желательно продлить (можно без обновлений)ещё месяца на три - примерно столько времени происходит привыкание/переход пользователей к новому домену.

Еще можно редирект делать с помощью mod_rewrite или как-нибудь еще.

Сам я так подобный вопрос решил, тк апорт упорно посылал на старый домен.

а потом поисковики сами редиректы отлавливают, и индексируют новые страницы вместо старых.