Туплю - прошу помощи

вообще ничего не понял :) Вам счетчик для каталога или сайта в целом? Вообще, для Яндекса Ваше творение будет одним ресурсом и выносить его на поддомен, ИМХО, не нужно.

Дизайн каталога полностью соответствует основному ресурсу - сам каталог просто набор тематических ссылок.

А счетчик хачется один на все - но не знаю, как правильно это сделать - сбивают некоторые с советами - типа: в твоем случае каталог не должен участвовать в общей статистике, это отрицательно воспримется яндексом.

Попытка сделать отдельный счетчик на поддомен увенчалась провалом. Вот я и туплю. Что делать дальше:

1. Убрать счетчик с каталога?

2. Поставить на каталог счетчик с "зеркалом"

3. Можно поставить общий счетчик.

Тема и называется - туплю.

3. Можно поставить общий счетчик.

Ставьте. Какое может быть отношения у Яндекса к счетчику LI... ;)

Люди предпологают, что может быть расчитано, как накрутка

Этих людей вы можете смело отправлять сюда. Ставьте один и тот же счетчик на все страницы и каталоги домена. Ни о какой накрутке не может и быть речи. Код счетчика вообще поставьте в <noindex>.

А зачем, если он на жаваскрипте?

Интересно, но в бэках ливинтернета есть сайты, где кроме счетчика никаких ссылок на Li нет. А вот моих сайтов там нет, потому что закрыты noindex. И еще, вы никогда не смотрели, какой ПР у ливинтернета?

Я бы вынес линкопомойку на отдельный поддомен - если забанят, то только ее. (естественно не должно быть связи между линкопомойкой и качественным контентом в ввиде ссылок друг на друга).

На линкопомойку это не очень похоже, всетаки модерируется.

Не одной ссылки на каталог на основном теле нет. А на каталоге - одна.

За это могут забанить?

Да и отдельного поддомена пока нет, поэтому просто поддомен.

Если будет помойка на поддомене, то и основной домен накажут.