Банят ли домен 2-го уровня за косяки домена 3-го?

Так это уже не внешние, (если домен 2 уровня - не хостинг) если на поддомене Вашего сайта каталог. Вы же его там своими руками сваяли.

seonick - поддомен это то же ресурс. посмотрите в проиндексированных страницах сайты, где есть поддомены, если интересно покажу в личку.

Если не верите, то проверте. для ускорения процесса, сами настучите на всю сетку.

Да, может забанить. И будет прав, потому как за свои поддомены отвечает хозяин домена.