NginX и своя страница ошибки 404

может дело в fastcgi_intercept_errors ?

Это может зависеть от настроек. Когда скрипт возвращает страницу (статус) 404, она может подменяться соответствующей серверной.

Обычно делается наоборот: ответ скрипта не подменяется. И только в самых критических случаях может выводиться серверная страница ошибки.

P.S. Иногда бывает, что сам скрипт в качестве содержимого страницы ошибки выдает статический файл (404.html, etc.). Этот подход частенько использовали в устаревших программных каркасах, т.е. без фронт-контроллера.

Конфиг бы nginx показали, было бы понятнее.

В конфиге NginX прописал вот так:

 error_page 404 /404.html;
        location = /404.html {
        root /var/www/site.ru/data/www/hd2k.ru;
        internal;
    }

Отлично, а обработка PHP как идёт?

По сути ошибка 404 nginx нужна исключительно для файлов, физических, которые он не может найти. Картинки, стили и т.д. Всё остальное если там rewrite должно быть завёрнуто на index.php и там раскидываться какие данные выводить.

location @php {
                include /etc/nginx/vhosts-resources/hd2k.ru/dynamic/*.conf;
                fastcgi_index index.php;
                fastcgi_param PHP_ADMIN_VALUE "sendmail_path = /usr/sbin/sendmail -t -i -f webmaster@hd2k.ru";
                fastcgi_pass unix:/var/www/php-fpm/16.sock;
                fastcgi_split_path_info ^((?U).+\.ph(?:p\d*|tml))(/?.+)$;
                try_files $uri =404;
                include fastcgi_params;
        }

Ну вообщем сайт работает на PHP 8 почему то через некоторое время начинает подвисать, приходится перезапускать PHP 8... Перевёл сайт даже на PHP 7, вроде работает. У меня как то была проблема на одном сайте, забыл поставить команду exit; после редиректа через хедер и вот тут похожая проблема.

Хотя конечно возможно проблема и не в 404...

Вот я и спрашиваю, как правильно выдать 404 ошибку? 

После редиректа ничего не должно быть, поэтому exit обязательный.

Да я знаю, просто забыл тогда поставить команду...

Непонятное происходит с моей страницей 404. В локалке под Апачем проходит

include($_SERVER['DOCUMENT_ROOT']."/404.php");

 А на сервере тоже проходит, но после модификации хедера в первой строчке получается по сути редирек на 404.html! Вот я и думаю что надо ставить exit... 

можно так:

    http_response_code(404);
    require $_SERVER['DOCUMENT_ROOT'] . '/404.php';
    exit;

в php-location должно действовать:

fastcgi_intercept_errors off;