Пропали позиции после обновления сайта

В этом причина 146%.

Массовые редиректы, смена урлов + измененный код сайта - Google к этому очень трепетно относится.

Реновация + редиректы выкатили одновременно? Если да, то это могло дать дополнительный отрицательный сигнал гуглу.

Что надо делать:

1. Проверить сайт на технические ошибки. 
2. Все ли редиректы постранично корректно составлены. 
3. Нет ли ошибок редиректов. 
4. Все ли страницы редиректят на свои правильные новые версии. 
5. Есть ли ссылки на сайте, которые ведут на старые урлы. 
6. Нет ли длинных цепочек редиректов. 
7. Нет ли битых ссылок.
8. Ждать. Иногда до 2-х лет до полного восстановления.

Да, одновременно, т.к. переехали на новый движек, там структура формирования урл другая ну и соответственно другой шаблон с версткой.

За рекомендации спасибо, проверю.

Ну 2 года это вы слишком перестрахуетесь. 2 месяца но как читаю тут на форуме, потери позиций если не делать доп внешнюю оптимизацию, будут.