Что будет если сделать главную страницу сайта не канонической?

КРЧ, докладываю! Сделал так

$url = preg_replace('/\/moskva\/?$/', '', $url);

и теперь все ссылки где на конце УРЛа /moskva ведут на главную. А там где /moskva не в конце, оно и должно быть! 

охуЙети костылим как говорится

Цель этих танцев с бубном какая?

Не бойся делай. Всё нормально. У меня также сделано, проблем нет.

<link rel="canonical" href="https://мойсайт.ru/index.php" /> 

Главная и index.php - одинаковые. Всё нормально индексирует, ничего не выпадает.

Я же описал, 2 одинаковых страницы и т.д.

Междугороднее такси? 

Нет

Тема отстой, нет смысла здесь квакать, уходим ..
Афтор пусть сам с собой здесь выясняет ..
Страшилу еще сюда притащил ..
Идем встречать НГ ..

Нелогичное структурное решение. Страницы не должны дублировать друг друга, тем более внутренняя - Главную.

Canonical не запрещает индексацию.

Ставьте в мета тегах noindex и этого достаточно.

в топах начнут появляться страницы вида https://moy-sayt .ru/moskva вот и все, каноникал всего навсего доп ссылка и все, но нужно понимать уместна ли она у вас на сайте

как схлебными крошками - поставили = страницы проседают, убрали - подросли, причина - та же

Не понял про хлебные крошки, можете пояснить?