Title, H1, H2 одинаковые

это не плохо - а не профессионально. С точки зрения оптимизации эти части онпейджа надо использовать по максимуму и не спамить

Одинаковый Title и H1 представить несложно, но зачем при этом ещё и H2 такой-то же - вот здесь надо смотреть.

Либо у вас с разметкой что-то не так, либо с содержанием, либо вы неточны в изложении.

Всегда начинайте с демонстрации конкретного примера, тогда будет проще вам помочь. 

Это ни на что не влияет. 

Такое может быть, например, на странице Контакты 

H2 в футере 

Может быть многое, но H2 в футере не нужен, футер - сквозной элемент страницы.

<H> заголовки лучше использовать в зоне <main>.

а лучше заголовки только в тексте вообще использовать, а в других зонах - выделять текст( заголовки блоков например)  другими способами

И это не может

Я за это и говорю. Все структуру <H> заголовков лучше реализовывать в теле основного содержания <main>, а всякие заголовки внутри блоков <aside> и <footer> размечать стилями через <span> с соответствующей размерностью. 

Ох, чего только не встречается :)

Я очень часто в рабочих ситуациях сталкиваюсь, где, что не заголовок, так <H>.

Просто многие "контент-менеджеры" любят так стилизовать тексты в текстовых редакторах. 🤔
Там такая кнопочка есть.

Так происходит по разным причинам