Cloudflare стал выдавать сайту IP которые забанены роскомнадзором

Нет конечно, проверки например на ботов работают. Но оптимизации да.

Бесплатный LetsEncrypt никто не отменял. Настраивается за пол часа с перерывами на кофе.

Клауд настраивается на блокировку или доп проверку при прямых заходах, переход из поисковой выдачи игнорируется клаудом и вы без всяких проверок переходите на сайт.

И как технически проверка на ботов будет работать, если CF использовать только как DNS?

Такое может быть, если домен заблочен на ТСПУ. Но это надо быть очень особенным, чтобы такое произошло. Ну или может быть домен попадает под какую регулярку, которая есть на ТСПУ. Но это никак не проверишь. Можно только догадываться.

Внереестровые блокировки только набирают обороты, так что только в путь

Так вроде писали, что хотят вообще убрать реестр из внешнего доступа. Вот походу уже работает :)

Нашел тему где у человека с сайтом абсолютно аналогичная ситуация, написал туда адрес сайта, ответили что  сайт заблокирован на ТСПУ по домену, внереестровая блокировка. 😟

Сегодня в первый раз о таком способе услышал.

То есть по идеи регулярка может срабатывать на определенный контент на странице, и из за этого блокировать весь сайт? Либо сам ркн добавил домен в бан.

У сайта ситуация такая что им 2 года никто не занимался, а неделю назад я начал наполнять его новым контентом, по идеи он толком в индекс поисковиков особо не попал, что бы ркн на него наткнулся. Из этого следует вывод что скорее всего регулярка агрится на какой то новый контент на сайте.

Не на контент, а на домен. Может что-то заблочили по шаблону, а других задело. Может быть не только вас. Когда твиттер начали замедлять/блочить, как раз такая проблема и была.

Если не великий секрет, можете домен прислать в личку, я посмотрю. Но по вашим описаниям очень походит на внереестровую блокировку. Вопрос только в том, конкретно на вас целились или рикошетом задело.

Какие полчаса? certbot и две строчки в терминале. Минута максимум.

Нужно еще настроить символические ссылки на сертификаты, прописать в конфиге NGINX.
Попить кофе, протестировать через ngint -t и только тогда перезапускать процес.
А если нужен сертификат еще и для субдоменов, то нужно в Cloudflare добавить TXT запись для проверки подлиности для certbot 🤔

Скажу чесно - не тестировал. Но проверить данную гипотезу можно за 1 минуту. 
Отключаете режим proxied. Включаете режим under attack. Открываете сайт в анонимной вклайдке.