Как анализировать нишу если ее крутят по ПФ?

Скажу по секрету, агрегаторы тоже крутят  ПФ. Это 100 % У меня таких три: эвакуаторы, аренда спецтехники и грузоперевозки :))

Накрутка в нише ухудшает выдачу, если эту нишу уже крутят не профессионалы :))

Перед тем как ответить на вопрос "как", надо разобраться, "что" вы хотите анализировать в нише.

Если вы хотите анализировать уровень накрутки конкурентных сайтов, то точно у чужих сайтов вы её все равно не определите. 

Даже если вы проанализируете предполагаемый объём конкурентного трафика, вы всё равно не сможете определить долю накрученности, если у вас не будет прямого доступа к их статистике.

Кроме того, состав топов разный, объёмы трафика у топовых сайтов тоже могут быть разные.

Выше вам правильно подсказали, агрегаторы тоже крутят и понять объёмы накрутки вы сможете когда сами встанете в один ряд с топами и опытным путём разберетесь, какой объём накрутки вам нужен, чтобы удерживать топовые позиции.

Также как и всегда. Часть накрученных запросов вы сможете  увидеть по большой разнице в частотности, но по сути методику анализа СЯ это меняет.

Присутствие накрученных некачественных сайтов ухудшает выдачу.

Точность анализа хоть кластера, хоть всего СЯ зависит от исполнителя.

СЯ, вы можете собрать, если знаете структуру бизнеса (ниши) в живую (в своей голове), при этом, воспользоваться сторонними сервисами в  качестве общей тенденции и личного анализа. Нынче просто загнать в кластеризатор и получить СЯ - ошибка.