Неудаляемый файл в Линуксе

На сколько я понял ломали в основном не обновленные сайты, там битрикс быстро выпустил все нужные обновления

+i встать может не только из-под рута. Есть такая штука, называется CAP_LINUX_IMMUTABLE, возможно на ***** она используется в благих целях, это не то чтобы дырка, но как минимум возможность ставить +i на файлы при помощи какого-нибудь алгоритма. Допустим, шелл клиента этого флага лишен и не может выполнить chattr. А какой-нибудь гуляющий между папками процесс веб-сервера, флаг имеет, и при вызове system() дает возможность выставить chattr +i 

тут бы с поддержкой ***** пообщаться, я думаю, они сами понимают что без прав флаг не должен прилететь, он не сохраняется при переносе и т.д., поэтому тут надо разбираться. 

Ну я им написал, что я на их месте заинтересовался бы этим, но видимо у этих работников не тот уровень, чтобы разбираться с подобными вещами. Их задача - решить проблему клиента, в данном случае удалить файл, который клиент сам не может удалить. А выяснять, почему да как - такой задачи перед ними начальство не ставило, поэтому удалили и забыли. Разбираться будут, когда проблема будет постоянно возникать.

Тогда будет поздно. Наличие одной уязвимости Х на реагирование = сплошные дыры. Иначе быть не может. Простая зокономерность.