Как перейти с базы MySQL4 на MySQL5

времена mysql4 это времена php4 в основном, там 5 версия php вышла за год до выхода mysql 5, а с php4 к сожалению нельзя обновиться, она очень сильно отличается даже от 5 ветки, не говоря уже о текущих

Тут смотря как написан код. Если это элементарные конструкции if и простые функции, то должно работать и так или с минимальными изменениями. Вряд ли на PHP 4 писали что-то серьёзное, к тому же объектно-ориентированным PHP стал по сути только с 5 ветки.

В любом случае, гадать бестолку, нужно видеть ошибки.

Ну даже простых вещей, например как eregi уже нет и других модулей. Глобальными переменными, ооп в 5 версии такой какой мы его знаем сейчас, но в 4 версии он тоже был просто работал не предсказуемо и поведение отличалось, я же про это и говорю, что сложно будет переехать, из пхп много что удалили по сравнению с 4 веткой и поменяли поведение языка, там переломным был уже то ли 5.2 то ли 5.3 не помню если честно, но я на php пишу с 4 версии

Первой "переломной" была сама 5.0. Потом 5.4-5.5 - это уже приближение к "современным реалиям".

Но, естественно, и между 5.0 и 5.4 были свои "вехи", например пространства имен - это 5.3.