Рекдирект с http на https

server {
        server_name site.ru www.site.ru;
        listen 88.888.888.88;
                listen 88.888.888.88:443 ssl;
                ssl_certificate /var/www/httpd-cert/site.ru.crt;
                ssl_certificate_key /var/www/httpd-cert/site.ru.key;
        charset UTF8;
        disable_symlinks if_not_owner from=$root_path;
        set $root_path /var/www/data/www/site.ru;
        if ($scheme = "http") { rewrite ^ https://site.ru$request_uri? permanent; }
                if ($host ~* "www") { rewrite ^ https://site.ru$request_uri? permanent; }

P.s.

Переадресация:

C www:
if ($scheme = "http") { rewrite ^ https://www. site .ru$request_uri? permanent; }
if ($host !~* "www") { rewrite ^ https://www. site .ru$request_uri? permanent; }

Без www:
if ($scheme = "http") { rewrite ^ https:// site .ru$request_uri? permanent; }
if ($host ~* "www") { rewrite ^ https:// site .ru$request_uri? permanent; }

И не забываем при выпуске сертификата указывать оба варианта с www и без www

acme.sh --issue -d site .ru -d www. site .ru --webroot /var/www/data/www/site .ru

Должно редиректить, можно увидеть весь конфиг виртуалхоста?

reload?

server {
    listen 80;
    server_name www.mysite.ru mysite.ru;
    return 301 https://mysite.ru$request_uri;
}

server {
    listen              myip:443 ssl http2;
    server_name         mysite.ru;
    keepalive_timeout   70;

    ssl_certificate     /etc/letsencrypt/live/mysite.ru/fullchain.pem;
    ssl_certificate_key /etc/letsencrypt/live/mysite.ru/privkey.pem;

    ssl_session_cache   shared:SSL:50m;
    ssl_session_timeout 24h;
    ssl_protocols       TLSv1 TLSv1.1 TLSv1.2;
    ssl_ciphers         HIGH:!aNULL:!MD5;

        root /var/www/mysite.ru/;

        # Add index.php to the list if you are using PHP
        index index.php;


        location / {
                # First attempt to serve request as file, then
                # as directory, then fall back to displaying a 404.
                #try_files $uri $uri/ =404;
                try_files $uri /index.php?$uri&$args;
        }

        # pass the PHP scripts to FastCGI server listening on 127.0.0.1:9000
        #
        location ~ \.php$ {
                include snippets/fastcgi-php.conf;
        #
        #       # With php7.0-cgi alone:
        #       fastcgi_pass 127.0.0.1:9000;
        #       # With php7.0-fpm:
                fastcgi_pass unix:/run/php/php7.0-fpm.sock;
        }

location ~* \.(ico|css|js|gif|jpeg|jpg|png|woff|ttf|svg)$ {
    add_header "Access-Control-Allow-Origin" "*";
    root /var/www/mysite.ru/;
    expires 3d;
    add_header Pragma public;
    add_header Cache-Control "public";
}

location ~ /(internal_data|library) {
         internal;
}
        # deny access to .htaccess files, if Apache's document root
        # concurs with nginx's one
        #
        location ~ /\.ht {
                deny all;
        }
}

К сожалению нет.

открывает сайт по http и по https.

Виртуал хост только один mysite.ru или есть и другие.

Проверьте нет ли настроек еще где в nginx насчет домена mysite.ru.

По идее должно все работать.

Что вы имеете ввиду?

Делали перезагрузку nginx после внесения правок редиректа в виртуалхост?