504 gateway time-out apache2 при загрузке статики

Проблему нашел, ISP панель сама (ибо я не создавал) создала файлик isplimitreq.conf  и заботливо прописала туда 

limit_req_zone $binary_remote_addr zone=site.ru:6400k rate=25r/s;

Может зайдёшь в настройки www доменов и выключишь DDOS защиту. Она включается автоматически при создании домена.

Что с ней не так? На десятках сайтах включена у меня. Что-то крашит она?

Это стандартный ограничитель от nginx запросов с одного IP. Если долбить сайт F5 то будут проблемы как у ТС-а.

Так же с лимитами можно играться. 

Проблемы начинаются, например когда подключаем cloudflare:

https://features.ispsystem.com/ru/ispmanager/topic/стандартные-настройки-защиты-от-ddos-и-cloudflare

Надеюсь скоро поправят.

Спасибо, нужно попробовать тоже отключить.

где этот файлик лежит?

Файл не трогайте. Вообще никак! Он создаётся из-за включенной защиты, так и очищается сам.

У меня проблемы на новом сайте как-раз со включенной защитой от дудоса, когда краулер гугла приходит. Начался индекс, на сайте 2 млн страниц. Сайт в пятисотые падает, мускул умирает частично. Причину уже недели 2 не можем найти. Может как раз из-за этого? Отключил сейчас защиту, будем посмотреть.

Мускуль и защита от ДДОС не связанны. У вас скорее всего просто или не настроенный сервер или тяжёлые запросы убивают mysql частыми запросами. Надо всё по факту смотреть.

Да уже лимиты дикие выставили, БД вроде нормально заработала, запросы оптимизировали. Но как краулер начинает по сайтмапам лазить - так в пятисотые умирает. Надеюсь, что всё таки в защите от дудоса.