Yandex не знает noindex?

Таг может значения meta изменились на index, follow, или может быть вы вообще удалили metа тег полностью.

По умолчанию, бег meta поисковик индексирует доступную страницу (когда считает, что проиндексировать нужно). 

В первую очередь, что я всегда делаю? Проверяю себя. Может я ошибся? И смотрю код страниц - 

Ну вообще говоря бывает, что в сыром html выводится что надо, а потом через JS подменяется на что не надо. Или наоборот. И робот тупо "правильные" данные либо прочесть не может, либо прочтёт их потом, совсем потом.
В кэше Яндекса-то что лежит? Всё правильно или нет?

Вопрос на засыпку...А как проверить кэш? Вообще с JS не должно быть никаких сюрпризов. Код достаточно чистый.

Взять да посмотреть сохраненку, в том числе - текстовую версию, и вестимо - код.
А вообще в таких случаях хорошая идея - прогнать через Screaming Frog от заданного UA с рендерингом JS и сопоставить версии - что есть в сыром html, что в рендеренном, и есть отдельная вкладка - что выводится или обновляется рендерингом JS. туда бывает залетают и метатеги, и каноникалы, и много что ещё. А Яша, как показывает практика, до сих пор тупит с рендерингом JS.

Ну и опять таки: ПС может забить на любые директивы, если есть более важные с точки зрения ПС сигналы: трафик, ссылки, ошибки в настройках сканирования, криво настроенная канонизация и т.п. 
Ужо не говорю про внутренние баги самой ПС, там только с саппортом общаться, если других выраженных причин нету.