Правда, что одна ссылка открытая из статьи на сайте лучше, чем сквозная ссылка из сайдбара или футера?

Это по-разному.

Если выбирать между статейной ссылкой и анкорным сквозняком с этого же сайта, я бы выбрал всё-таки сквозняк. Но тут надо в каждом конкретном случае пристально смотреть, конечно. Может там статья супетрафиковая, тогда лучше с неё взять.

Смотря для чего ссылка в футере/сайдбаре. Для СЕО никакой, а как информационная, то хорошо, польза от целевых переходов

Ссылки вне контента вообше странная идея. А что они собственно там делают и в чем их смысл? Посмотрите на это глазами гугла.

Если я ссылку покупаю для улучшения ранжирования, то  мне  конечно лучше продвигать определенный контент, чем  ставить сквозную в сайдбаре. 

Если в подвале поставить сквозной баннер 88x31 и сделать его не статичным, а анимированным в .gif формате - он полюбому будет привлекать внимание и будут идти не плохие переходы, где пользователи будут смотреть более 1-й страницы (доказано и проверено на экспериментах) - но такой донор должен быть только тематическим.

Сейчас посмотрел на 1-м таком сайте, в месяц из подвала 21 переход, что весьма не плохо.

Вообще считаю что такой формат перелинковки очень удачно работает, но мало где применяется (в основном видел в игровой индустрии - хотя для бизнеса он так же применим).

Помните раньше вручную вебмастера обменивались баннерами таким способом и он реально рулил.