Яндекс пишет сайт угрожает безопасности. Чем проверить на вирусы

Проект умер, но софт-то живой.

Полуживой. Сигнатуры не обновляются же.

Для определения точности это не имеет значения, в любом случаи сначала прогон им, а потом поиск более детальный через свои утилиты. В PHP мало способов скрыть код. 

вот тут по подробнее  - что за они?

Я смотрел все сигнатуры Айболита, там они полноценные из кусков вирусов, чтобы не давать ложных срабатываний.

Мой же поиск более параноидальный, состоит из всех запрещённых функций и всяких вставок не стандартных. Больше ручной работы так скажем, но зато найдётся всё 😊

Всё никогда не найдётся. В общем случае.

"Взломан" и "угрожает" - это чаще всего вообще не про вирусы. Гораздо чаще - про дорвеи, редиректы и левые айфреймы, что-то по тихому подгружающие.
Ищите шеллы, eval, обфусцированный код, проверяйте выдачу на наличие левых страниц с вашего сайта, ищите измененные файлы - тем более измененные в конкретный момент времени.
От всех этих айболитов на практике толку никакого, реагируют на нормальное файло, а реальные угрозы тупо не выкупают.

Вот в общем случаи как раз всё находиться.

Ну если только вирус не встроен в общий процесс и, например, тупо удаляет файлы или закодирован ioncube. В остальном всё находится, главное понимать, какой код перед тобой. Но это уже не общие случаи.

Потому, что там полноценные сигнатуры:

без обновления этой базы, она устаревает быстро.

Или вот сигнатура:

Из забавного:

Вирусов на вебсайтах вообще практически не бывает, на никсах это экзотика.