Сайт был не доступен сутки, потеря позиций в Яндексе

Какого числа была просадка? 16/07 был АП, возможно из-за него просели.

Да, 16 числа как раз заметили при снятии позиций.

 Уже несколько тем на форуме про этот АП. Одна из них тут.

У меня сайт 20-03-2021 не был доступен 3 часа, яшины показы на следующий день упали в 2.5 раза. А сейчас уже и в 5 раз. Но это, думаю, совпадение. Изменился алгоритм ранжирования.

Вечером 20/07 в ряде тематик тоже был АП. Какая тематика у Вашего сайта?
Пример действия этого АПа тут.

С остальными проектами всё в порядке. Изменение произошли только на том сайте, который был отключен. Вот и не ясно что дальше делать.

Остальные в той же тематике? Изменения по конкурентам смотрели?

то же самое, сайт был недоступен 21 июля порядка 9 часов, все страницы выдавали 404 и робот их выкинул.

Показы уменьшились в этот же день и их становится все меньше и меньше.

Многократно сталкивался с такими проблемами. Каждый раз позиции возвращались, иногда с совсем минимальной просадкой. Крайний раз это было в июне, на возврат позиций ушло около 10-15 дней. Соответственно если позиции не вернутся через 15 дней, то скорее всего как уже написали выше, сайт попал под АП.

Как правило все восстанавливается через 1-2 недели. Не стоит пока паниковать.