Кластеризация в мутаген и в других сервисах

Стоит это делать вручную с самостоятельно выстроенной структурой. Ни один сервис не учитывает специфику и нюансы бизнеса, которые необходимо изучать на уровне потребительских интентов. 

Когда вы доверяете сервису, то вы берете на себя все возможные ошибки и неудачи в структурной сегментации.  

Хардом по топу с вычитанием сервисов Яндекса и с ручной доработкой. Хоть кейколлектором.

Кей Коллектор лучше.

А как хардкором.  ??? Топов прогонять через тот же самый мутаген ?

А мне кажется Кей ассорт

Смотря какая стоит задача. Если вам нужно предварительно оценить количество интентов, то кей ассорт сделает или кей коллектор, но будет куча дублей. Руками все равно будете переделывать до человеческого вида.

Да , главный вопрос.  А чем дубли убрать?

Строго говоря, даже сам Яндекс не уверен, что способен верно оценить интент запроса, не говоря уже о их количестве, ну а КК никогда и не умел оного... отсюда и требования к ручной кластеризации.

ТС, но я бы начал с анализа ТОПов по базовому ядру. В нынешнем мире очень просто промахнуться мимо тех самых интентов о которых в суе упомянул  JOHNY2010 это просто сэкономит время.

Хоть в кейколлекторе, хоть в Экселе потом. У них общая частотка всегда одинаковая, дальше смотрим на частотку точного вхождения и другие метрики, если важны - хоть на CTR, и более слабую словоформу - в мусор.

Руками. Автоматический кластеризатор лишь даст оценку вам, хотя тот же КейАссорт плодит эти дубли просто десятками, и проще полностью с нуля. Если есть где-то сомнения, Арсенкина смотрите.