Как создать аффилатный магазин? Менять ли шаблон?

ну да.

я ему сделал сайт, работает на полном автомате без всякого продвижения. Кроме базовой оптимизации.

заказчик только на звонки отвечает и работает с заказами.

время от времени совместно со мной добавляет новые товары.

Естественно без продвижения сайт в топе только по НЧ запросам.

Вот он и подумал, а почему бы не сделать почти копию, и собирать больше НЧ трафика. Занимая сразу в топе 2 позиции.

технически можно плодить аффы бесконечно , и я в принципе не против такй тактики - но редко выходит так что траф валит без продвижения. Вам повезло, и я считаю что это успех. Тогда  в чем суть вопроса ?

Чтобы сайты заняли две позиции сразу действительно нужно постараться. И телефоны разные, и аккаунты Яндекса и Гугла разные, и маски метатегов, и ссылочные профили стараться создавать для сайтов разные.

В большинстве случаев, лучше допилить один сайт, чем иметь два не доведенных до ума