В первом экране можно размещать объявления?

Что тут запретного?) Или Вы впервые в интернете видите подобные расположения блоков?

Google отлично к этому относится, а если вы ещё включите "автоматические объявления" от Гугла, то он вам ещё и не туда объявления напихает, только удивляться будете.

В правилах они пишут: " Издателям не следует использовать макеты сайта, в которых при загрузке объявлений контент оказывается за пределами экрана. На таких страницах пользователям трудно различить содержание и рекламу."

ПС системы очень часто нарушают свои же правила, Яндекс не даст соврать

Подскажите, на страницах со скачиванием файлов объявления можно размещать?

На том же сайте вот скрин:

Можно 

А как же вот это?

Я не размещаю рядом с кнопками скачать и меню и вам не советую, чтобы не вводить пользователей в заблуждение.

Не следует - это не значит, что запрещено. Почти на любом контентном сайте, одно из самых доходных мест - как раз верхнее, до или сразу после h1. Так что, такое размещение рекламы - много где, странно, что вас это так удивляет.

При этом, опять же, очень много где расположены рекламные блоки, где идет скачивание контента. Причем, как на вашем скрине, с задержкой скачивания, чтобы реклама успела открутиться. Тут, вероятнее всего, пока не нажалуются - никто не будет блокировать. По факту, пока у вас пользователи не накликивают ошибочно по рекламе - более менее все терпимо.