Стоит ли закрывать от индексации одну из двух одинаковых ссылок?

Действительно. Херня какая то.

Но стоит зайти на сайты из ТОПа с включенным RDS, так там все дубли почему то зачёркнуты. Почему?

Ссылок на главной странице много, больше 100, вот и думаю какие закрыть

Нет.

Рекомендую одно, и описываю возможности реализации и последствия от этой реализации другого.

Стряхните с головы сии греховные намерения. Ибо:
рел=нофоллов – не для закрытия сцылки, а лишь для сообщения искалкам «я не ручаюсь за url в значении атрибута href... может это кто на форуме наспамил»...
нофоллов для пэйджранкСкульптинг-а не подходит, поскольку внутри сайта учитывался как выбрасывание / не учёт веса (который ещё и не уходит со страницы, а якобы считался по сцылкам с неё – для других страниц. Но и это не точно),
а прятать сцылки в JS вы не хотите... да и поздно, сдохло это seo / не сделаете вы ничего, манипулируя сцылочной структурой, наверное лучше ПФ лелейте, это нечто менее устаревшее.

да хоть миллион

меньше надо ерундой заниматься