Один сайт с поддоменами на разные города

почти у всех есть такой функционал - у опена сео цмс ( мультияз и мульти регион )

у битрикса , у шопскрипта , у вп итд итп

можно делать папками или поддоменами итд итп. Это вопрос к вашему программисту вообще - что он умеет пусть на том и делает

Если цены и особенности будут отличаться и логика может изменяться по ходу, можно посмотреть в сторону фреймворков (Symphony, Yii, Laravel).. 
Хотя, строго говоря, и на Битрикс и на шопскрипт можно прикрутить.. Вопрос в том, что "из коробки" с нужной логикой можно и не найти.. )

И таких всё больше и больше.

Как серьезность зависит от CMS? CMS больше зависит от того, к на сколько серьезному обратились разработчику. Если придут к тем кто делает на WP значит будет WP, если к тем кто на SF значит будет на ней. Конечный заказчик (серьезный, с серьезными планами и амбициями) очень слабо в этом всем ориентируется, да ему и не надо, он платит деньги не чтоб самому во все это вникать.

PS. Был у меня один клиент, сеошник выступающий ПМом от одного завода/производства, им какая то студия сделала очень дорого и плохо проект на битриксе, потом я там уже подшаманил чтоб он работал достаточно вменяемо, но как бы посыл закинул, что надо переделывать, города определяются через задницу, а внутри архитектуру под воркфлоу наклепали "школяры" из разряда "на тесте все работает у разработчика" и из за этого через задницу скопипащены и перепилены штатные компоненты с костылями вставленными  в аккурат между тысячами строк битрового говнокода. Сеошник сказал (возможно убедил руководство), что они лучше на ВП сделают, ему удобнее, да и собрать можно быстро, чуть ли не сам может за пару вечеров. Прошло примерно 2 или уже даже 3 года, его все еще на вордпресс переписывают, я так понимаю из за сильно кастомного шаблона и кучи хитрой бизнес логики, которая никак не ложится на пачку плагинов из офф репозитория.