Как проверить трафик на накрутку?

да увидите сколько не прошло, столько и боты. 

я тоже так думал, но действительность оказывается совсем другой. многим вообще не ведомо такое понятие как "антибот" и т.п. идеи защиты сайта от ботов (понятие антиддос всем известно, а болеее узкое понятие антибот пока нет), потому люди гуглят какие угодно левые запросы, создают такие вот темы, не подозревая даже что для их проблемы давно существует готовое решение. Некоторым даже показав ссылку - не сразу понимают что именно это им надо. Зато потом распробовав понимают что этот пока не популярный простой инструмент решает многие проблемы и задачи которые и надо юзеру.

Нет, однозначно такого утверждать нельзя, потому как под накруткой можно понимать любые действия выполняемые заинтересованной стороной. Это могут быть и единичные переходы по запросам в ТОП-е (так в сущности и выполняется грамотная накрутка).

Выявить накрутку можно только по аномалиям, либо по отклонениям от нормы, но для этого нужно уметь анализировать трафик в рабочем периоде и хорошо понимать среднее кол-во переходов и их колебания. Всё это является частью поисковой аналитики - конкретной работой SEO специалиста, который ведет поисковое продвижение проекта.

Но как правило сторонняя накрутка - это грубый буст переходов по семантическому ядру, либо с реферами из соц. сетей или прямому трафику. Варианты могут быть различными в разных пропорциях с разной переодичностью. 

Воспользовался этим способом. Сравнил последний месяц (30.12-30.01)
В Яндекс веб-мастере клики - 331 (сумма из excel выгрузки)
В Метрике посетители - 501 (данные из отчета Поисковые системы->Яндекс)

Из-за чего такая разница, возможно это норма, как разница метрики и директа или метрики и аналитикса?

Отбой, смотрел в отчете популярные запросы. В группах "Все запросы" - 541 клик.