Если NGINX как прокси сервер, то все равно все отдает Apache?

Зачем убирать работу Apache? Кто этого требует? Что мешает сделать так:

Оставьте у апача только HTTP-порт и проксируйте на него, никаких 443 портов в конфиге апача быть не должно.

Будет при условии проксирования на Apache.

Просто покажите конфигурацию NGINX блок server { } , замените адрес сайта, если не хотите его здесь палить.

server {
                server_name site.ru www.site.ru;
                listen XXX.XX.XX.XX;
                charset UTF8;
                index index.php;
                set $root_path /var/www/www/site.ru;
                location ~* ^.+\.(jpg|jpeg|gif|png|svg|js|css|mp3|ogg|mpe?g|avi|zip|gz|bz2?|rar|swf)$ {
                        root $root_path;
                        access_log /var/nginx-logs/user isp;
                        access_log /var/httpd-logs/site.ru.access.log ;
                        error_page 404 = @fallback;
                }
                location / {
                        proxy_pass http://XXX.XX.XX.XX:8080;
                        proxy_redirect http://XXX.XX.XX.XX:8080/ /;
                        proxy_set_header Host $host;
                        proxy_set_header X-Forwarded-For $proxy_add_x_forwarded_for;
                        proxy_set_header X-Forwarded-Proto $scheme;
                        proxy_set_header X-Real-IP $remote_addr;
                }
                location ~* ^/(webstat|awstats|webmail|myadmin|pgadmin)/ {
                        proxy_pass http://XXX.XX.XX.XX:8080;
                        proxy_redirect http://XXX.XX.XX.XX:8080/ /;
                        proxy_set_header Host $host;
                        proxy_set_header X-Forwarded-For $proxy_add_x_forwarded_for;
                        proxy_set_header X-Forwarded-Proto $scheme;
                        proxy_set_header X-Real-IP $remote_addr;
                }
                location @fallback {
                        proxy_pass http://XXX.XX.XX.XX:8080;
                        proxy_set_header Host $host;
                        proxy_set_header X-Forwarded-For $proxy_add_x_forwarded_for;
                        proxy_set_header X-Forwarded-Proto $scheme;
                        proxy_set_header X-Real-IP $remote_addr;
                }
                location ^~ /webstat/ {
                        auth_basic "Restricted area";
                        auth_basic_user_file /var/www/user/data/etc/5126789.passwd;
                        try_files $uri @fallback;
                }
                include /usr/local/ispmgr/etc/nginx.inc;
        }

Как я понимаю раз много слов proxy есть в конфиге :), значит он проксируется на Апач.

Да, все будет работать.