Что делать с товарами которых не будет

и это будет нормально. ну или если у вас есть товар, который вполне может юзеру заменить текущий на 100%, то можно поставить редирект на него.

В том и дело, что заменить товар даже аналогом не получится... По поводу массовых 404 страниц - рано или поздно они выпадут, но не станет ли это для Яндекса чем-то сверх негативным, насколько знаю говорят что массово как бы не рекомендуется удалять товар?

не будет -если предложите аналоги , если нету аналогов - 404

не станет

гугл наоборот рекомендует 404 с таких ситуациях.  и не важно какое количество таких страниц будет, хоть 95% от всех страниц.

а яндекс - спалит что у вас плохие поведенческие и накажет. а они будут плохие, юзер же не получит что искал когда с поиска зайдет. так что 404 и пусть скорее удаляет из индекса.

я удалял из 52000 товаров 51500 - и сайт теперь топ по всей стране по вч вк

Мощно =))

Чистил сайт от 60 к стр. (всего было 150 к), в три этапа, с интервалами примерно 2 месяца. И каждый раз при массовой отправке в 404 отлавливал просадку по остальным запросам. От 1,5 до 4 недель, потом возвращались. 
Не уверен что оно прям точно связано, велись и другие работы. Но теперь буду искать способ сначала запретить индексацию, а в 404 только после того как выпадут.

Возвращались позиции к тому, что было до массового возникновения 404 ошибок?

Да.
В яндексе даже и немного с походом

Удаленные страницы в большинстве были низкого качества.