Mysql. Огромная разница во времени выполнения посредством php и непосредственно в phpMyadmin

Это банальная опечатка, а не рукожопость. И она выдаст только предупреждение,  что данной переменной не существует, а не замедляем выполнение до полутора часа...

Вопрос решил сам, ковыряя мануалы... Проблема была в том, что выборка включает в себе вложенные выборки и по каждому WHERE нужны многоколоночные индексы. phpMyadmin их имитирует на этапе PREPARE. А для php нужно указывать самому.

Вот про виртуализацию индексов phpMyadmin а узнал спустя 5 дней гугленья.

Чего-чего phpmyadmin имитирует? 

И чего надо указывать там в PHP?

Не имитирует а определяем нужные поля индексов и создает временную таблицу с ними на этапе PREPARE. После СОMPLETE она сразу удаляется. Так как будто бы они были добавлены в саму структуру БД.

Я не особо силен в терминологии, поэтому извините за мой французкий.

Ссылку на данную информацию скиньте, я так понимаю источник зарубежный.

Ближе к вечеру постараюсь найти в истории.

В php ничего. Просто создав многостолбцовый индекс и подкорректировал запрос, указал его приоритетным. Время выполнения стало отличаться на %%5 максимум

USE INDEX (search_current_status_iDx) 

SELECT 
    orders.id,
    ...
    (SELECT current_status FROM ord_status_log USE INDEX (search_current_status_iDx) WHERE ... ORDER BY id DESC LIMIT 1) as status_id
    ...
FROM orders
WHERE orders.date ...

Версия MySQL какая?

Просто создание индекса не меняет дело? 

Только указывать его принудительно? Это очень редкая ситуация.

В запросе во вложенной секции WHERE до 5 условий. 

ситуация 1: 5 условий, имеются индексы по 1 столбцу - запрос в myadmin выполняется ~5 секунд, скриптом php - около часа.

ситуация 2:  5 условий, имеется группированный индекс по 5 столбцам  - запрос в myadmin выполняется ~3.5-4 секунды, скриптом php - около часа.

ситуация 3:  5 условий, имеется группированный индекс по 5 столбцам с его принудительным указанием (USE INDEX ...)  - запрос в myadmin выполняется ~3.5-4 секунды, скриптом php ~4.5 секунд.

Вот такая картина. И мне она непонятна была пока не наткнулся на указанное выше объяснение. Но факт является фактом - проблема решилась.