Mysql. Огромная разница во времени выполнения посредством php и непосредственно в phpMyadmin

Возможно в пхпмайадмине указан LIMIT , а в скрипте вытягиваются все сто миллионов записей. 

Без примерной структуры и самого запроса, без года скрипта - ничего особо не посоветуешь.

Причем здесь год скрипта - банальная выборка pdo либо mysqli с одним запросом и более ничего.

Даже если ставлю в запросе

... LIMIT ХХХ

Пропорционально запрос выполняется по тому же таймингу.

Ничего нельзя сказать без кода php. Может там циклы или еще что. 

Банальный "сложный" запрос... код вида:

// Формируем тест выборка
$data = $db->query("
        SELECT data,
        (Вложеная выборка вида SELECT),
...
        (Вложеная выборка вида SELECT)
        FROM table 
        WHERE УСЛОВИЕ
	LIMIT 10
");

Если выставить индексы для всех WHERE (тип данных DITETIME), то  запрос выполняется на %% 30 дольше.

LIMIT также замедляет выборку в среднем на %%50. Чистая выборка обрабатывается шустрее.

это тебе к экстрасенсам нужно ну или гадалке...

зы. единственное объяснение это качество кода,  phpMyadmin  не рукожопы писали, поэтому он быстрее  😀

<?php
$from= microtime(true);
$db = new PDO(SETTINGS);
$data = $db->query(ЗАПРОС);
echo round(microtime(true) - $start, 4);
?>

Какая рукожопость в этих 4 строчках кода? Никакой больше обработки - банальная выборка и все.

нужно не гадать, а искать причину... я в своей практике не раз сталкивался с сусликом которого невидно, но он есть))

для начала вывести запрос и сравнить с тем что в phpmyadmin формируется, или вставить запрос из phpmyadmin в скрипт.

дело явно не в php,  а в запросе

Да, например, вот - не инициализированная переменная $start - вместо нее должна быть видимо $from.