Как вы дорабатываете свои сайты?

Да, слышал, что в частности Laravel силен миграциями.
Я работаю с простыми движками типа Wordpress и MODx

На самом деле можно написать самому - это не столь сложная штука, для вп и модкс скорее всего есть что то готовое, по крайней мере для вп гуглится https://wpmerge.io/ и  https://github.com/deliciousbrains/wp-mergebot

Извините, не могли бы вы, пожалуйста, рассказать подробнее про этот момент?

я не работаю с ВП, с ним работаете вы, это мне у вас надо спрашивать как оно там у вас, я чисто теоретически, ведь плагины обновляются, а значит при обновлении они могут делать какие то действия.

Я вот работаю с octobercms и там можно делать так  а битрикс вот так, а что там есть в вп я не могу подсказать, но гуглятся разные решения  https://wordpress.stackexchange.com/questions/144870/wordpress-update-plugin-hook-action-since-3-9