В результаты попадет страница с нерелевантным регионом

Сео текстов, умышленного переспама и т.д. нет.

Все страницы - рабочий инструмент (мусор недопустим) похожи на страницы товаров Я.Маркета (https://market.yandex.ru/product--telefon-philips-xenium-e182/463953099/offers)

категории товаров или товарные карты?

Не совсем понял вопрос))

Структура и смысл страниц очень похож на приведенную выше ссылку Я.Маркета (вкладка меню - Цены), только товары из совсем другой сферы применения.

Проверяем релевантность страниц. Лечится внутренним ссылочным.
Но, не стоит сразу этого делать, бывает глючит, раньше глюк был от недели до двух, сейчас хз

 у вас агрегатор или им ?

я все таки думаю что может быть новый фильтр или переспам в коде

Такая же беда, вместо нужного региона то основной домен подсовывает, то из другого региона поддомен. Вообще ума не приложу как бороться. В переобход ставлю страницу, сразу по запросу нужная показывается - на следующий день все возвращается как было.

Часть страниц в топе, с частью такая ерунда, причем страницы идентичны. Это не глюк - проблеме уже более полугода.

Агрегатор.

Уточните, что вы подразумеваете под переспамом в коде?

Фильтр, по логике, должен одинаково влиять на все однотипные страницы, но в моем случае это не так.

Тоже такой глюк заметил: вместо основного домена региональный поддомен показывает, к счастью мало по каким запросам такое, но появилось это недавно.
ИМ.

Кстати, только сейчас заметил, арсенкин еще выдает такую информацию - "Важно! При 99% вероятности фильтра, сервис показывает проблему на документе, и нельзя утверждать, что она связана именно с текстом."

Именно у страниц, вместо которых выдается региональные поддомены, имеют вероятность именно 99%.