Сломали DLE

Это едва ли.

Из стандартных штук бывает только .htaccess и index.php. Но это ничего не даёт, потому что это всего лишь места вставки кода. Всё равно каждый сайт приходится полностью "процеживать".

Так а что в нем хоть было????

base64 инжекшн

Инжекшн в другом месте. А это просто eval.

Именно файле был код base64, eval в тупо в index сунули

Это без разницы.

Без понимания принципов, ТС предполагает, что даёт "пилюлю" всем, у кого случится аналогичная "стандартная" ситуация. Благодарность за благие намерения..

.. но пользу сего действа стремятся обесценить собеседники..

wasistdas, помониторьте хотя бы недельку-другую изменения в файлах.. Совсем не факт, что найдя и удалив заразу, Вы закрыли дыру (точнее, этими действиями Вы устранили лишь последствия.. Про дыру здесь ни слова)..

p.s.. И да.. сделайте бэкапы..

Пока не закроете дыру ждите еще инъекций