Нужно ли убирать <i> из верстки

Для ПС не имеет значения, каким именно тегом вы размечаете иконки. Есть спека от W3C, в идеале ей нужно следовать, но не обязательно. Например, в том же Bootstrap для разметки иконок используют <i>.

В большинстве случаев (но не всегда) семантика HTML-кода не влияет на ранжирование сайта. Главная задача состоит в том, чтобы вёрстка не была слишком тяжёлой и не грузила сайт, и чтобы ничего не химичили с разметкой текста, осторожнее в <b>, <strong>, h и т.д.

Ну и текст не прячьте от пользователя во всякие visually hidden, кроме модальных окон.