Мне кажется все сайты рано или поздно в индекс попадают. Время? Смотря сколько вашему сайту? Может еще рано.
Домен сайта добавьте в гугл, яндекс и маил аддурилку. И буде вам счастье.
Потом попробуйте ссылок на него на форумах и в аккаунтах на сайтах штук 15 оставить. Ссылки добавить в гугл аддрилку.
Проходил такое. Месяц, после всё начало восстанавливаться. Полное выздоровление пришло через 2 месяца.
Ссылки не слетят, а будут работать для домена "домен.зона", без учёта протокола http или https.
Лично мой сайт от перехода на сертификат ssl не пострадал. Месяц после перехода немного позиции слетели, а сейчас всё восстановилось.