Имеет ли значение уровень вложенности в URL?

Не пофигу. Имеет. Не только количество кликов.

Структура URL, в смысле количества слешей, сама по себе ни на что не влияет. Если рассматривать ее как сферического коня. Если в жизни, то от нее, на большинстве CMS формируются хлебные крошки. Которые влияют, например, на количество внутренних ссылок у УВ-2 и УВ-6.
Если к крошкам еще прикручена, эта трешевая фигня, с выпадающими из них списками категорий этого же уровня - влияет на количество ссылок на самой странице. Иногда +/- сотни.
Повлияет на микроразметку строк навигации, если она у вас есть и выводится в сниппеты.
Может иметь чисто индивидуальное значение, смотря по рукожопости владельца. Мне например сейчас попала пачка сайтов, где вместо пагинации (ее совсем нет), стоит  кнопка "Показать еще товары", и при этом, на карточках нет блоков "похожие", "с этим покупают", или т.п. Все что под кнопкой, таким образом, связано со структурой сайта только через хлебные крошки, и только в одну сторону. Ботам доступно только через сайтмап, или пр. тех приблуды. Для них изменение УВ будет капец как не пофигу...

Пофигу, только в том случае, если у вас страницы/товары, не привязаны к URL категории, а URL категорий не привязаны к навигации.

и вот и все, все остальное никакого отношения к урлу не имеют. Как устроены хк, привязки итд - это все зависит от рук разраба. И это везде в каждой цмс могут быть разные варианты, рассматривать их в качестве влияния вложенности урла все равно что рассматривать влияния дверной ручки на мотор машины.
и раньше  пофигу, хватит выдумывать

Изменение ручки на мотор не влияет ни в каком случае. Условно. ХЗ, на самом деле, я не знаю что там у современных авто с электроникой, и что с чем связано...
А тут про изменения которые на практике, для многих, так или иначе повлияют. 

судя по комментам ТС, речь к тому же про уже опубликованные URL, на действующем сайте

А это уже наверно про влияние масс изменений URL и 301)))

ТС спрашивал:

Так вот - гуглу пофиг

Ну вот у меня смена урла товара с полного пути на корень ну никак не влияет (например в опенкарте) на хк , у тебя по другому?

Как объяснить... Если на подобной площадке задают вопрос, формулируя его согласно своему пониманию (точнее не пониманию) проблемы. То это в общем нормально. Понимал бы, не спрашивал. Не нормально,  набегать в такие темы, и давать такие же ограниченные своим пониманием (не пониманием) вопроса ответы.

Потому, что следующая тема ТС будет. "Я ничего такого не делал, а сайт упал". И вы опять набежите, давать такие же советы)))

Еще раз. Изменение УРЛ (даже без изменения структуры), влияет в любом случае. С изменением структуры, может влиять и на весь зависимый от нее функционал. Вопрос ТС, судя по всему не гипотетический, а относительно уже работающего сайта. С проиндексированными урлами.

Изменение урла влияет на позиции, но ТС, на сколько я понял, не собирается его менять. Вопрос был про вложенность в урл (количество слэшей).

Я не давал советы, а ответил на вопрос ТС. 

если есть 301 то как влияет ?

Ну в общем то ты прав, много кто задает вопросы которые тянут всякие нюансы и могут повлечь большие проблемы

По всякому. Например через вхождение запросов транслитом в ЧПУ. Или не совсем про это, но тоже про святой 301 - нужно было перенести категорию с товарами в другой раздел. Важные для сайта, много продаж, поэтому строго не уронив позиции. Перепроверял каждый шаг по 5 раз, все строго по феншую. А позиции  улетели. И что не делал, до прежних поднять не смог. Пришлось возвращать в взад. Там опять стали +/- где были. Хз что за вуду, скорее всего разное семантическое окружение. А может магнитные бури...

В любом случае, работает - не трогай... Если для того нет прям настоятельной необходимости)))

меня они оминули эти магнитные бури видимо, 301 раотает как часы, без всяких танцев . а запрос и так входит в чпу в товаре )