Как понять что грузит сервер?

Комплексный анализ, что за запросы у apache, как настроена mysql, как настроен nginx и т.д.

Вы хотите, чтобы мы тут телепатически решили ваши проблемы? :)

Нет, простите.

Я просто думал, что какое-либо значение в скринах будет критическим и кто-нибудь по опыту уже, возможно сталкивался с этим ранее.

У меня голова по утрам болит. Вот вам график давление и сколько сахара в крови. Пропишите мне лекарства.

Вот пациент лежит и не шевелится. Вот Вам его МРТ, где опытный врач может увидеть опухоль. Пропишите мне лекарства. (Пожалуйста, :))

SSD используется под базы ?

или вообще не используется ?

В ISP вижу 1.99 Tb - это по всей видимости SATA (RAID 1)

Посмотрите выполняемые запросы mysql

Чувак не знает стоит-ли у него Нджинкс, бесполезно что-то советовать - сам не справится!

Ничего хорошего не выйдет в вашей любознательности, наймите админа!

И насколько видно, в основном боты. Либо брутфорсят админку (подбор пароля wp-login.php, и т.п.), либо спамят в комменты — по логам посмотрите. Для хороших ботов можно попробовать crawl-delay в robots.txt выставить. Кэширование подключите, закройте wp-login.php отдельным паролем на уровне веб-сервера. Фильтрацию ботов BotGuard можете попробовать подключить.

Dram, nginx видно на скринах htop/top

Всем большое спасибо.

Действительно, последовал совету baas обратиться к специалисту.

В этой ветке и нашел LEOnidUKG. Далеко ходить не нужно.

Проблема решена.

Что было:

Неправильно настроенные my.cnf и apache2.conf.

Также нагрузку создавали плагины на 200 сайтах, генерирующие сайтмапы, состоящие из большого количества страниц.

Как я понял поисковики "дергали" их и создавалась большая нагрузка. Леониду еще раз большое спасибо!