У вас ведь эти странички снова в индекс попали, например: /cgi-bin/catalog/viewgroup_atm.cgi?section=3 в индексе.
Тогда получается все у вас ок. а почему до сих пор в вебмастере написано неправильно - можно поинтересоваться у службы поддержки через тот же вебмастер.
Насчет роботс - нужно два clean param в один объединить.
