Была примерно такая же беда. Попробуйте очистить кэш страниц (system/storage/cache). Не знаю тонкостей, но при занесении новых товаров в магазин или создании новых категорий/подкатегорий, даже при включенном ЧПУ, урлы новых страниц остаются такими кракозяблами, пока не очистить кэш. Не знаю почему, но любит Opencart такой фигней заниматься. Только забудешь почистить кэш, после занесения новинок, и на тебе.
Мне помогло.