Dram

1. /etc/init.d/nginx reload   - применение всех правок конфига без перезагрузки, сразу

2. Баньте подсети сразу (если IP похожи)  iptables -A INPUT -s 213.152.162.0/16 -j DROP

3. Проведите анализ - откуда боты и баньте страны или хостеров.

4. Мое решение 5-летней давности, работает у меня на ВПС до сих пор, надёжность проверенная годами! https://searchengines.guru/ru/forum/954988/page2#comment_14885499

5. Тоже решение давнее, но тоже очень действенное (бан подсетей крупнейших хостеров мира), как экстренная мера вполне годится. https://searchengines.guru/ru/forum/958253

Я тоже думаю что 99% это баг с БД.

Последняя версия  Joomla! 3.10.11, а вы пишите у вас 3.10.0

Я бы попробовал 

1. Обновить Джумлу до последней версии 

2.  Далее в админке - Расширения - Расширения - Проверка базы данных - Исправить

А вы можете задавать тип поля куда пишите эти цифры? Задайте им текстовое поле.

Ваш последний запрос чуть быстрее 0.12 сек против 0.15 у моего (селект фром селект) и экслпейн у него получше, спасибо.

Спасибо за язвительные замечания, узнал про Селект фром селект

SELECT rayon,year,vsego, COUNT(rayon) as city FROM 
(
SELECT t1.rayon, t3.year, COUNT(t1.id) as vsego 
FROM `univer_big` as t1
INNER JOIN univer_items as t2 on t2.rayon=t1.rayon
INNER JOIN univer_exam as t3 on t3.item_id=t2.id WHERE t3.year >=2020 
GROUP BY t1.rayon,t3.year
) as t
GROUP BY rayon
HAVING city < 2

Придумал и свой вариант, правда в 2 запроса через создание другой таблицы

CREATE TABLE `t_temp` 
as  (
SELECT t1.rayon, t3.year, COUNT(t1.id) as vsego 
FROM `univer_big` as t1
INNER JOIN univer_items as t2 on t2.rayon=t1.rayon
INNER JOIN univer_exam as t3 on t3.item_id=t2.id WHERE t3.year >=2020 
GROUP BY t1.rayon,t3.year
);

SELECT rayon,year,vsego, COUNT(rayon) as city FROM `t_temp`
GROUP BY rayon
HAVING city < 2

Запрос написан лично мной (я всегда джойные таблицы называю через t, можете через поиск убедиться). Ответ уже и не особо нужен, последнее условие проще для меня было "доработать" PHP скриптом, что я и сделал. 

Но просто интересно было бы посмотреть на запрос, который бы мог это сделать чисто в SQL, так сказать обучения для. 

Делайте одну фото для старых статей - фото загрушку.