Посмотрите в целом документ
System Administrator Guide
и в частности
Тема к размышлению (по поводу переключения ФС в RO)
Проблема, приводящая к потере данных при использовании в Linux SSD-накопителей Samsung
версии MySQL одинаковые?
вам нужен системный администратор и специалист по 1С.
opcache - наиболее оптимальный вариант, тем более, что он поставляется с PHP начиная с ветки 5.5. Его авторы - те же люди, которые пишут сам PHP.
robots.txt нынче не в моде?
Для смены регистратора com/net в RU-CENTER по умолчанию паспорт не нужен. Достаточно написать письмо с контактного e-mail с просьбой предоставить код авторизации реестра, а затем подтвердить наличие доступа в кабинет.
ipfw можно выключить. что вы им блокировать собрались?
А еще у битрикса есть файловый кеш (/bitrix/cache/, /bitrix/managed_cache/), который в процессе работы сайта может не одну сотню тысяч айнодов съесть (тут многое зависит от используемых компонентов, их настроек, количества данных в базе, а также степени кривизны рук разработчика сайта).
Если было слияние и организация, к которой присоединили, существует, то только по письму от нее.
Если организации, к которой присоединили не существует, то любое лицо может написать письмо с просьбой аннулировать регистрацию домена на основании выписки из ЕГРЮЛ. И дальше нужо ловить домен (вариант ненадежный, но единственный).
Обратитесь напрямую в RU-CENTER, изложите все по полочкам, вам подскажут, что можно сделать.