http://rubular.com/ - тут можно протестировать свои регулярки
mysql-proxy это уродец
вместо него есть mysqlnd_ms
Включите в логах debug
user counters покажите
Создаете конфиг для www.*.example.com
В нем берете регексп по вилдкарду и делаете регидект на $1.example.com
А для www.example.com ставьте еще один конфиг, который будет редиректить на example.com
ОС - 32 бита?
Или виртуализация OVZ?
При этом следует учесть, что иногда диски дохнут с нормальным smart совершенно внезапно
Проверка на обновление - через memcache
Скачивание - через CDN, тот же cloudflare
Ну вот и все. Теперь вы сисадмин.
Хреновость составляет 50%
Имейте бекапы