Любое появление левых файлов, картинок на сайте, скорей всего имеет под собой взлом.
Хостер вычищает бесплатными скриптами, они ищут популярное, вот и проблемы повторяются.
Удалите, попробуйте разобраться как данный код к вам попал на сайт.
Размещаюсь уже постоянно, все быстро и без проблем!
Дистанционно сложно давать оценку, в идеале проверить каждый файл.
Уже не редкость подобная ситуация, что хостинг виноват в взломе.
Странно, что яндекс так долго реагировал, может повторное заражение произошло?
Разместился на 1 сайте, все быстро, ранее размещался все так же оперативно!
Запишусь за отзыв, раз такое дело!
Кол-во страниц не имеет значения, стучите по контактам - профиль