Вы сегодня принимаете заказы на сателлита? (в icq пишу, ответа не получил)
В Cpanel можно через админку делать бекап, а потом уже его скачать при помощи менеджера файлов в ISP и раскидывать файлы по папкам..
Для этого putty не нужен, все делается в админках и через фтп. Кстати, трафик putty совсем немного берет.
На 32битной действительно памяти будет меньше..
А проблемы.. если имелось ввиду недоступность, каких либо программ 64битных, то это не проблема т.к. на 64битной системе заработают и 32 битный софт.
Все зависит от того, какова будет нагрузка на HDD..
Судя по посту, софт еще не написан и аудитории большой нету.
Если это так, до достаточно sata дисков т.к. все в оперативке висеть будет и хард не так важен.
В последствие можно будет взять более мощный сервер, а сейчас я бы остановился на варианте 2.