Atony, если вам нужно закрыть только начиная с 3-его уровня, то надо 3 звёздочки:
User-agent: *
Disallow: /*/*/*/
csnet, от сайта зависит. Если это коммерческий сайт - то как бы лучше делать дизайн под ключ, а если очередной статейник, то без разницы (дизайн турбо-страниц посмотрите). Но на позиции это влияет далеко не в первую очередь и косвенно.
Скорее всего, у вас не хватит ресурсов на работу с двумя сайтами. Сделайте один для начала.
Есть ещё такое - https://bez-bubna.com/free/lsi.php
Но лучше всего - вручную.
Запросы, т. е. семантическое ядро, у всех будет разное, поэтому наличие аффилиата никак не скажется на результатах продвижения.
Открывать другой сайт в модальном окне, например.
Средние позиции посмотрите в Search Console.
Так это агрегатор, у которого их миллиард :). У ТС ведь не миллиард товаров.
criticis, была статья на эту тему - https://siteclinic.ru/blog/internal-optimization/kartochka-tovara-net-v-nalichii/
Можно ещё посоветовать выводить "Нет в наличии" не текстом, а картинкой, как тут - https://vseinstrumenti.ru/instrument/gajkoverty/page11/
Ну так у вас и показы по мегаиндексу рухнули.
Мегаиндекс как раз и показывает ТОП-овые запросы. Они у вас и упали, если верить мегаиндексу (вместе с показами).