Защита с помощью JavaScript - это защита от блондинок, которым завтра сдавать реферат :)
Радикальный способ - часть текста представлять в виде картинок, а нормальным тесктом выводить только ключевые слова. По крайней мере, на написание качественных распознавалок у плагиатчиков уйдёт достаточно времени.