Ответы почти на все ваши вопросы есть на сайте директа и бегуна, попробовали почитать бы что ли...
Вся тематика веревернулась за последние два дня, мой сайт так в индекс и не попал ;( Прошёл месяц, ждём дальше.
*грустно*
А зачем все   убирать? Их использовать вообще не рекомендуется, или только в таких кол-вах как на данном сайте?
Зависит от конкурентности опять же.
Почему же нет? Авторские права на дизайн и програмную часть, а не на весь сайт.
Добавил медицинскую статейку.
Имхо сервисы типа niklab как вы написали действуют отлично, просто на примере вашего сайта они не показывают непереиндексированные сайты с вашей ссылкой. Проще говоря поисковики ещё не знают о установленной ссылке.
В Liveinternet есть ссылка "по поисковым фразам" нажмите и всё поймёте.
На самом деле что бы сделать сайт достаточно прочитать книжу про основы HTML, другой вопрос что это будет за сайт..
CuteNews почти тоже самое что и DLE, вернее будет скачать что создатели DLE спёрли код первоисточника и дописали его.