Яндекс умеет удивлять. В первый раз слышу про такую проблему, на Гугле н бывает такого?
Ну а как же без ключевиков в title :)
Только не забывайте их переделывать, переставлять местами, перефразировать и так далее. ну и про уникальность тоже помним.
и да пребудет с Вами сила :)
Думаю еще в ТЗ не помешало бы уточнить пункт про чистоту и семантичность кода (выше уже писали об этом):
1) Стили и java скрипты по максимуму выносить в отдельные файлы.
2) Не допускать у элементов внутренние стилей.
3) Максимально валидный код.
А я пользуюсь сайтом http://pr-cy.ru/
Там есть удобная панель оптимизатора, в которой можно отслеживать общие показатели сайтов. Также там можно сайты разделить ярлыками в различные группы.
Мне в принципе нравится. А так конечно каждому свое, кому что удобнее, на свое усмотрение.