ССЗБ.
И если стоит автоапдейт, то это только начало.
Mysql проще откатить, либо тюнить конфиг.
Ап. ^^^^^^^
Ставьте php-imap из того же репозитория, откуда php ставили.
Так это не железный сервер, а vps с 6-ю гигами? С этого и надо было начинать, тут все сложнее.
Это может быть бэкап нодсервера. Не обязательно данных пользователей, может быть технический бэкап. Либо это соседи, это сможет определить хостер.
Уверены?
Также рекомендую остановить mysql и httpd и протестировать скорость диска.
dd if=/dev/zero of=/test.deleteme bs=1G count=1 oflag=direct
или
dd if=/dev/zero of=/test.deleteme bs=64k count=16k conv=fdatasync
После каждого теста удалить файл /test.deleteme .
И посмотреть статистику mysql в phpmyadmin.
Это настройки Апача для suphp, есть еще конфиг самого suphp. Если это не WHM, то min_uid по-дефолту 100, www-data меньше, отсюда и ошибка. Только непонятно, если в Апаче всего один сайт/юзер, то зачем тогда вообще suphp?
Я говорил не про сервер, а про виртуалхост.
В любом случае www-data должен быть больше, чем 1, значит конфиг suphp не дефолтный и надо его поправить.
UID/GID скрипта сделать таким же как у виртуалхоста. min_uid по-дефолту равен 1, ID владельца виртуалхоста в любом случае будет больше.
Она обрабатывается как php.
Проверьте (либо сравните с бекапом) конфиги php, Apache и все .htaccess в пути и узнаете.